gff转gtf

gff转gtf

首先用gff3ToGenePred转换为GenePred格式，然后在利用genePredToGtf转换为GTF格式。生成的gtf示例如下NC_012920.1hg38.GenePred transcript1595616023.-.gene_id"gene60958"UCSC采用GenePred 格式存储基因和转录本的结构信息，通过UCSC的小工具，我们可以借助GenePred格式来实现GFF转换成GTF。用法如下gff3ToGenePred GCF_000001405.38_GRCh48.p12_

●＾● 1、首先需要安装Cufflinks软件：执行命令：gffread **.gff-T -o **.gtf 例如：gffread test.gff -T -o test.gtf 安装Cufflinks的步骤：1. 为了安装Cufflinks,必3.格式转换，下面这一条命令就可以将gff3格式的注释文件转换成gtf格式的文件了。gffread gencode.v19.annotation.gff3 -T -o gencode.v19.gtf 当然也可以将gtf格式的文件转换成gff3格式的文件

＋▂＋ gtf 转换为gff: gffread -L Arabidopsis_thaliana.TAIR10.53.gtf -o test.gff 如果你的gtf 来自ensembl,可以加-L 参数gff 转换为gtf: gffread -T Arabidopsis_thaliana.TAIR10转换：Cufflinks里面的工具gffread可以直接实现GFF与GTF的互相转换。gff2gtfgffread my.gff3 -T -o my.gtf#gtf2gffgffread merged.gtf -o- > merged.gff3

gff和gtf格式都可以储存基因信息，有很多共同点，存储信息侧重点又不一样，最主要的是不同的软件对于文件格式的要求不同，有时候你找不到需要的格式文件时，就得用另一个格式文件进行转//assets/posts/gffgtf/Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3 3.运行python代码转换格式，其实也就一条命令就能搞定Python 3.7.0 (default, Jun 28 2018, 08:04:48) [MSC v.1

可以实现gff文件转换为gtf文件，用法如下生成的gtf示例如下gffread 生成的gtf文件中只提供了exon和CDS这两种类型的结构信息，第九列的属性也只有transcript_id,gene_id,gene_naGFF (general feature format): 可以用于任何基因组注释的存储GTF (gene transfer format): 严格的用于基因注释信息的存储