circbase数据库怎么用,acid数据库

circbase数据库怎么用,acid数据库

​​http://circbase/​​ 在该数据库中，环状RNA的ID以物种的三字母缩写开头，比如​​hsa_circ_0018046​​,记录了circRNA的头尾在染色体上的为位置，来源基因，序列等信息。在circBase(http://circbase/cgi-bin/listsearch.cgi)中，我们可以通过circRNA名称(hsa_circ_0010153),转录本名称(NM_133494),染色体定位(chr1:12359258-12382803)检索circRNA的信息(序列，

⊙▽⊙ 通过blat按钮，可以输入fasta格式的查询序列，然后和数据库中的circRNA序列进行比较，示意如下查询结果如下所示该数据库是免费下载的，可以下载物种对应的环状RNA的列表，也可以下载对应的序列，同时HTML tables from circBase 0.1 are available here. Custom python scripts used to report circRNAs can be downloaded here. Citing circBase: Glažar P, Papavasilei

∪＾∪ 简介：circBank 对circBase 数据库中人类的环状RNA 数据加以整理，根据序列信息进行了蛋白编码潜能，miRNA 相互作用预测分析，并将所有结果整理成了在线数据库，方便检索和浏览。7circBase数据库寻找到研究主变量后，查询其详细信息，在不同物种中的表达情况，是circRNA研究必需环节，此时circBase就派上用场了。它收集和整合基于测序数据发现的circRNA,目前包含人

?ω? circBase 数据库/ circBase 是一个环状RNA的数据库，收录多个物种的circRNA信息，采用了find_circ软件来预测去核糖体文库中的circRNA,数据库可以单个环状和列表形式对环状RNA从数据库文章的被引次数上也可以看到。这个数据库在所有的circRNA数据库当中也是经典的数据库。starBase由于非编码RNA方面的综合性的数据库。用处比较广。所以用的人更多。如果是专

今天给大家扒一扒circRNA有哪些好用的数据库。在circBase(http://circbase/cgi-bin/listsearch.cgi)中，我们可以通过circRNA名称(hsa_circ_0010153),转录本名称(NM_133494),染色体定位(ch在数据库上，作者非常友好的将如何发现circRNA所需要的所有代码(其实就是find_circ),以及用于测试的自测RNA-seq 数据放入downloads 页面，详细内容可见README。注意事项关于数据